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云地日志

立身娉婷北高峰,花事纷纭心事秾。飓风和雨吹折后,病枝弱叶一扫空。

 
 
 
 
 
 

上海市 卢湾区

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有缺口的碗-《解放日报。朝花》20151122

2015-11-22 12:00:30 阅读71 评论0 222015/11 Nov22

作者  | 2015-11-22 12:00:30 | 阅读(71) |评论(0) | 阅读全文>>

蔡红序陈云地古体诗集《千重山》

2015-11-21 22:14:06 阅读132 评论0 212015/11 Nov21

意蕴冲淡  立身娉婷

n 蔡  红

当我第一次在网络上不经意地读到陈云地的诗歌时,我的眼睛刹那间就像换上了新电池的手电,倏地变得笔直、雪亮。这些诗,像岩石旁的幽静潭水,松针下的涓涓细流,丰正、清澈,涤净了人间的浮躁之气,能滋润人们的心田。

“炊烟起自陈福禄,乳雾到达毛贞垸。婶呼一声遏行云,日高三竿照紫巅。”《千重山》里,一首首描写作者故乡陈福禄的诗,拨动着我心里那根怎么也抹不掉的思乡的弦。和作者一样,我也是从大学毕业起就远离家乡,一直在外地工作的人。在中国,有着这样相同人生历程的人,除了我和作者之外,不知道还有多少。沉积在作者心目中的日渐遥远的有关儿时故乡的山水人情,点点滴滴,也触动着我们每个人心中的痛,牵动着我们心口的柔,搅动着我们长年蛰伏心底、轻易不愿意正视的思念。

感觉是什么?感觉是认知的复杂综合。过去,人们常说“字如其人”,这是一种感觉;今天,云地的诗恰如其人。这种感觉大家可以在他的诗里窥见一斑:“立身娉婷北高峰,花事纷纭心事秾。飓风和雨吹折后,病枝弱叶一扫空。”(第二卷小孤山《木棉》)他的诗烟岚润泽,简约蕴厚,尤见性格,恰如其人。云地其人爱笑,和煦一笑,眼睛很亮很漂亮。用这样的眼看山看水,山水也是一片清朗之气:“悬泉脆玉漱鸟径,附葛攀藤取松荫。珍珠打在石头上,颗颗丁东粒粒清。”(第一卷横岗山《山泉》)

我一直以为,诗就是要跌宕起伏,要发足呼嚎,要像“穿过大半个中国去睡你”这般语出惊人,才有“大写意”。可是当我看到陈云地的诗,意境冲淡,用词朴素,简里透着深,巧里滲有些许涩,我的内心

作者  | 2015-11-21 22:14:06 | 阅读(132) |评论(0) | 阅读全文>>

三国志

2015-10-11 22:38:44 阅读326 评论0 112015/10 Oct11

二代测序是相对于此前已经普遍应用的成熟技术Sanger测序法而言的。由于新技术的发明,原有的经典的Sanger法就被“追认”为一代,新技术称为二代。

国际上出品二代测序仪的公司主要有3家:Illumina,Thermo Fisher和Roche。国内生产或研发二代测序仪的公司有华大基因和紫鑫药业等。

Illumina二代测序技术来源于它所收购的Solexa公司。目前,Illumina占据了全球绝大部分二代测序市场份额,遥遥领先。Illumina测序平台品种繁多,蔚然大观,其中最高端的产品HiSeq X10,有人比拟为“基因测序的航空母舰”。按照性能从低到高,而不是上市时间,Illumina的测序平台可以归纳、整理如下:

·       GA; GAII; GAIIX. 其中GA是Genome Analyzer的缩写。

·       MiSeq; MiSeqDx; MiSeq FGx. 其中Dx适用于诊断,FGx适用于法庭鉴定。

·       NextSeq 500; NextSeq 550.

·       HiSeq 1000, HiSeq 1500; HiSeq 2000; HiSeq 2500; HiSeq 3000; HiSeq 4000.

作者  | 2015-10-11 22:38:44 | 阅读(326) |评论(0) | 阅读全文>>

井底之蛙和早老性痴呆

2015-9-30 12:38:22 阅读144 评论0 302015/09 Sept30

陈云地新古体诗集《千重山》即将出版。

朋友远来。本来那时候一直天晴,没想到来的那天就下雨了。春寒料峭,很有点冷。正好我有好茶,赶紧泡了一杯——不是瓷杯,用的是一次性纸杯。朋友忙着谈事,没有马上喝,是后来临走前才喝的,没说什么。我想显摆,就提问:“茶还可以吧?”虽说是问,我那口气其实是说这是好茶吧。朋友笑笑,还是没说什么。

后来,朋友赠我两罐茶叶。因为是自己动手炒的,所以就是两罐茶叶,没有包装。打开看,其貌不扬,茶叶哑黄的,不是市面上颜色翠绿鲜亮、棵棵整齐划一的那种。没想到开水一冲,茶香纯正,经久不散。我顿感汗颜。前者我真正是井底之蛙,贻笑大方不自知。

然后外甥女来作客,我就提醒她,上次给你的茶叶,是人家自己做的,好茶叶,你自己喝,不要给别人。外甥女笑笑,没说什么。过段时间她陪伴她妈妈一起来,我一边泡茶一边想起来,又提醒她一次。她笑笑,还是没说什么。

有一天跟老婆说什么事,中间我又说这茶叶好。她告诉我另一罐在办公室,她天天喝。哎呀,原来给外甥女的是另外一种,不是这个。可是我都瞎说两次了,她们都不提醒我。

嗯,是了,男人家务活做多了,容易痴呆。

后来我又偶然了解到,朋友其实不爱喝茶。

嗯,又是了,我看起来随和,其实很武断。

曾经有人跟我说我很固执。我想,我是湖北人,湖北人多少都有点倔犟,没当回事。又有人跟我说我自以为是。我想,一定是因为多少有点道理,我才会坚持自己的观点不改的吧?你好歹听一点吧?还是不当回事。

现在看来,情况比我认为的严重。总是爱为别人作主张,总是以为自己喜欢的别人也喜欢。

作者  | 2015-9-30 12:38:22 | 阅读(144) |评论(0) | 阅读全文>>

遣怀

2015-9-22 22:31:49 阅读131 评论0 222015/09 Sept22

纵然岁月也冰凉,无论人才与度量。

满池瑟瑟风光新,半垄袅袅木樨香。

作者  | 2015-9-22 22:31:49 | 阅读(131) |评论(0) | 阅读全文>>

江南

2015-9-19 12:48:33 阅读176 评论0 192015/09 Sept19

红颜宛似在跟前,冉冉清风共一天。

簌簌梧桐新下雨,纷纷洒洒落池边。

检测符合韵律,符合平水韵。

作者  | 2015-9-19 12:48:33 | 阅读(176) |评论(0) | 阅读全文>>

秋水

2015-9-16 23:51:25 阅读206 评论0 162015/09 Sept16

静影无边黑沉沉,似有灵犀个中游。

此时无声胜言语,不到分手不举眸。

作者  | 2015-9-16 23:51:25 | 阅读(206) |评论(0) | 阅读全文>>

麻姑

2015-9-13 22:14:58 阅读150 评论0 132015/09 Sept13

麻姑昨日过青丘,碧海翻腾白玉舟。

指爪无声能分水,墟烟狗吠隐箜篌。

《平水韵》古代读音检测:

作者  | 2015-9-13 22:14:58 | 阅读(150) |评论(0) | 阅读全文>>

惊鸿

2015-9-8 0:05:21 阅读185 评论0 82015/09 Sept8

故人翩然临江水,凛若晨星照秋鸿。

光影斑斓叹白露,意气丰沛振青铜。

海天一色魂灿烂,林塘异地事朦胧。

山屿不随风景换,琼枝常著石榴红。

作者  | 2015-9-8 0:05:21 | 阅读(185) |评论(0) | 阅读全文>>

影响二代测序数据的因素都有哪些?

2015-8-26 17:00:02 阅读504 评论0 262015/08 Aug26

一、取法乎上,仅得乎中

二代测序的特点就是大规模测序,大规模测序就要大规模花钱。尽管平摊到每个碱基上,二代测序的成本是很低的,而且下降速度喜人,都少有地超过了计算机科学的摩尔定律,但是因为碱基数目庞大,动辄以G、以M计,所以每次测序的总价都不是小数目。这就要求我们在做项目时小心又小心,力争所有样本都一次测序成功,不浪费宝贵的科研经费。所谓如临深渊,如履薄冰,真是我们这些测序狗的个性化定制的精准写照。

哪些因素会影响二代测序数据质量呢?我们按从大到小的顺利整理一下思路,只要绕过这些暗礁,把测序做好、把每一次测序都做好,也并不难。

实验室管理要做好,质量管理标准要高,选最严格的。

技术平台要选好,选最好的。

试剂质量要靠谱,选最大牌的。

样本质量要保证,不遗余力做到最完整(无降解、无凋亡)、最纯净(无污染、无残留),不盲目追求碱基修补。

样本的摩尔量要保证,不盲目追求low input、单细胞、单分子。

二、CRO服务

对于开展CRO服务的公司来说,还有一种特殊性:当他们通过质检发现客户样本/客户文库存在质量/数量问题的时候,以及当他们无法确认客户样本/客户文库是否能够满足二代测序的最低要求的时候,他们有责任提醒客户测序存在风险。

以一家虚拟的二代测序代客服务公司为例,我们可以通过观察他是否诚实地做到以下这些,来判断他是否忽悠。可能很多老师不喜欢我罗列的这些条目,但是在做项目时一定要多个心眼。只要是大包大揽,一定离忽悠不远。

客户

作者  | 2015-8-26 17:00:02 | 阅读(504) |评论(0) | 阅读全文>>

RNA样本中残留的DNA污染要不要进行纯化?

2015-8-26 0:20:48 阅读573 评论0 262015/08 Aug26



对于二代测序来说,如果RNA样本中残留有DNA污染,要不要先用DNA酶把污染的DNA消化干净,然后再进行建库和测序呢?

可能我要准备好迎接一大波砖头来袭:这个问题太“图羊图那啥”了!因为答案显而易见:当然要纯化,不然会影响测序。只要我正儿八经地提出这个问题,我相信所有人都会斩钉截铁地回答说:要!

问题是,清谈是一回事,实干是另一回事。当样本真的遭遇DNA污染的时候,很多人又会心存侥幸:“也许不纯化,也不会有多少坏处吧?”如果情况再糟糕一点,碰巧样本量又不够多,刚刚好只够做一次二代测序,就会有更多人说:“做吧,你做吧,不要纯化了,做完了再说。”

有没有人真的这么干过呢?我相信你基本没有机会看到这样的数据。因为,只要是这么干过的人,百分百都不会公开他的实验结果。

好吧,那就让我来给大家见识一下这朵奇葩——收过不谢,叫我雷锋。



样本RNA是这样的,看琼脂糖凝胶电泳图,从左至右,编号依次为1号、2号、3号、……、12号,刚好12个一打。RNA质量相当不错,RIN值最低的都有8.4;比较遗憾的是,其中5个样本(2、3、8、10、11)多多少少存在DNA残留,3个残留比较少,2个残留严重。对于RNA而言,它们就是污染;对于我们即将进行的测试而言,这是很幸运的,因为DNA污染的严重程度各不相同,轻微的和严重的都有,还有没有污染的样本,正好用来作对照——多么理想的组合啊,不说千载难逢,也算百年一遇吧?

RNA样本的琼脂糖凝胶电泳图

RNA样本质检数据总结

作者  | 2015-8-26 0:20:48 | 阅读(573) |评论(0) | 阅读全文>>

渠水

2015-8-23 23:39:54 阅读87 评论0 232015/08 Aug23

陈福禄门口塘    摄影/陈晓明

无赖流光竟日催,鹧鸪布谷每来回。

山深芳草侵途路,门远孤松映藓苔。

冷落静花蓝水逝,清新秀发紫曦开。

抬眸千里层云白,织女辛勤夜半裁。

完全符合平水韵!

作者  | 2015-8-23 23:39:54 | 阅读(87) |评论(0) | 阅读全文>>

二代测序的DNA浓度测定

2015-8-21 22:17:12 阅读1858 评论1 212015/08 Aug21

二代测序离不开DNA浓度测定。需要测定浓度的地方有两个:文库构建之前;上cBot进行cluster generation之前。

目前常用的DNA浓度测定方法有以下几种:NanoDrop,Qubit,real-time PCR,Agilent 2100 Bioanalyzer。

那么,在什么时候选择什么方法最好呢?最好当然是指以最小的代价满足实验需求,而不是那种不计成本的土豪作派。

一、DNA质检,浓度不需要非常准确

文库构建之前,我们选择NanoDrop,而不是Qubit。(此处可能有板砖大规模来袭(^_^))理由是:

1、厂家官方推荐的文库构建DNA用量是一个范围,而不是一个数字。也就是说,文库构建试剂盒对于DNA用量有一定的容忍度。也就是说,DNA量不需要很准确。

2、NanoDrop操作简便,测定速度快,对DNA的消耗量也很少(样本宝贵,不能浪费)。

3、NanoDrop能够给出OD260/280,用于判断样本纯度,Qubit不幸没有这个功能。

NanoDrop有缺点!是的,有缺点,我承认。

1、测定不够精确(此处可能有板砖)。——为建库目的,并不需要非常精确,可以适当有点误差和波动。

2、样本里面的某些杂质也被当成DNA测定,对于测定值有贡献,导致浓度值虚高。——a。在文库构建的反应体系中,样本只占很小一部分,杂质被稀释。b。建库过程中有很多磁珠纯化步骤,越到后来越纯。

3、NanoDrop与Qubit的测定值不一致,

作者  | 2015-8-21 22:17:12 | 阅读(1858) |评论(1) | 阅读全文>>

二代测序常见问题解答:文库投入量与数据产出量的比例

2015-8-20 17:00:35 阅读1067 评论0 202015/08 Aug20

文库投入比例与数据产出比例

1、  Illumina二代测序技术在flowcell上形成cluster的过程是完全随机的(最新的HiSeq X10和HiSeq 4000的flowcell是打孔的,cluster的生成是半随机的),不同的样本混合在一起测序,在大尺度上,数据产出量与文库投入量大致成比例,但不是严格正比。即使是质量非常好的文库,样本投入与数据产出之间的比例也存在很多不确定性。

文库碱基不平衡与数据产量比例

1、  如果文库的碱基组成不平衡,Illumina软件在利用实际测序数据的前4个循环(基本参数,比如cluster定位坐标、空间定位offset值、光谱校正matrix值等)以及前25个循环(PF, QV)统计分析参数的时候,统计结果不准确,从而会影响本lane测序的所有碱基的准确识别,还会导致部分cluster虽然长在flowcell上,却不能收获测序数据。

2、  碱基平衡是指文库的碱基组成符合两个条件:a、每一个测序循环中,AGCT四种碱基都有;b、这4种碱基的组成比例接近1:1:1:1,也就是各25%。

3、  如果一条lane所测序的混合文库,整体上碱基组成严重不平衡,则数据产出比例完全无法根据文库投入量进行预测。

定量PCR的作用

1、  在cluster生成过程中,有一个桥式PCR的步骤。这决定了只有能够进行PCR的文库才能生成cluster,才能被测出序列。

2、  有些情况下,

作者  | 2015-8-20 17:00:35 | 阅读(1067) |评论(0) | 阅读全文>>

蔷薇

2015-8-18 0:19:36 阅读150 评论0 182015/08 Aug18

仙人坝水库近影,水中有一座岛。    摄影/陈开建

多子蔷薇紧着开,无情岁月隐悲哀。

乔松芳草堆枯叶,淡影深香拂晕腮。

烟笼秋鬏当晌午,风熏紫岫远轻雷。

空中布谷留不住,纵使山神也徘徊。

平仄检测发现徘字不合辙,就开始换字。没想到,穷尽了淹徊、徕徊、迟徊、低徊/彽徊、邅徊、裵徊/裴徊,居然没有一个是合辙的,也是醉了。

作者  | 2015-8-18 0:19:36 | 阅读(150) |评论(0) | 阅读全文>>

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