注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

云地日志

立身娉婷北高峰,花事纷纭心事秾。飓风和雨吹折后,病枝弱叶一扫空。

 
 
 

日志

 
 

测序经验谈之:三代测序原理  

2011-06-22 22:17:05|  分类: 二代测序 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |

DNA测序原理:三代 - Garification - 云地笔记

1  工作流程

1.1  Template preparation (SMRT bell)

1.2  Run Design

1.3  Binding

1.4  Instrument Run

1.5  Primary Analysis (Basecalling, QV)

1.6  Secondary Analysis (Assembly, Mapping)

 

2  试剂盒

厂家提供3种试剂盒:

Template preparation kit:将DNA转化成SMRT bell文库形式。

Binding kit:将文库与聚合酶结合,为测序做准备。

Sequencing kit:实时测序。

 

3  样本制备流程

3.1  DNA片段化 

3.2  末端修补 

3.3  接头连接

接头呈茎环结构,与双链DNA片段的两端连接后,把DNA双链打开,就成为一环状单链结构。

3.4  DNA纯化 

 

4  测序模式

三种测序模式

4.1  Standard:

Large insert sizes; Generates one pass on each molecule sequenced.

4.2  Strobe:

Very large insert sizes; Generates distributed reads on each molecule sequenced.

4.3  Circular Consensus:

Small insert sizes; Generates multiple passes on each molecule sequenced.

这三种模式可以组合起来使用。

 

5  测序流程

实时单分子测序。 

 

6  软件

6.1  仪器控制软件: 
–RS Remote:远程的,Windows兼容的实验设计和监控工具
–RS Touch:触摸屏互动的仪器控制和实验监控工具
–Primary Analysis:自动的信号处理、碱基识别、质量评估

6.2  SMRT分析软件: 
–SMRT Portal:网上工具,原始数据的组装,查找浏览结果
–SMRT View:High-performance interactive genome browser for exploration, interpretation and verification of analysis results.

7  优点

节约成本:节约了试剂用量。

简化流程,操作简单:无需PCR扩增,可以避免扩增引起的偏差bias。

缩短测序时间:NGS通常需要几天时间才能完成测序,而PacBio只需要不到1天时间,一个典型的测序可在30分钟内完成。

长读长产出:NGS的读长在35-400碱基之间,而PacBio的读长在1000碱基以上。对于获得完整的基因组信息,有长读长可以适当降低覆盖率;长读长有利于高度重复区域的拼接,有利于揭示基因组的变异。

可观察DNA聚合酶的动力学信息:DNA聚合酶动力学信息的改变往往提示DNA甲基化的存在,甲基化是表观遗传学的重要机理,与癌症等很多疾病相关。PacBio能自动记录动力学变化。

  评论这张
 
阅读(733)| 评论(2)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2017