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测序经验谈之:临床活检样本CLIA标准测序  

2014-07-24 21:59:46|  分类: 二代测序 |  标签: |举报 |字号 订阅

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[药明康德二代测序]CLIA活检样本转录组测序 - 陈云地 - 现代汉语的音韵美感寻找

 

药明康德基因中心拥有美国政府下属机构CMS (Centers for Medicare & Medicaid Services)颁发的CLIA证书。目前中国独此一家,不仅仅是二代测序,是全中国只有这一家。CLIAClinical Laboratory Improvement Amendments的缩写。拥有这张证,就有资格对美国的临床样本进行二代测序检验。

基因中心严格遵循CLIA的规定程序,先后设计、验证、建立了一系列LDT (Laboratory Developed Test) 项目,完成了大量临床样本的二代测序检验。这些项目的成功,证实了基因中心的CLIA体系牢固可靠,运行平稳,项目周期短,数据质量高,结果可预期,质量管理值得信赖。

临床检验的特点在于样本珍贵难得,时间紧迫,检验结果容不得丝毫差错。临床检验样本主要有两种:FFPE样本和活检样本,都是困难样本。FFPE意味着降解的DNARNA;活检意味着样本量少。数量少,质量低,对二代测序都是严峻挑战。

药明康德基因中心发挥技术优势,克服了两个难点,积累了丰富的经验。最近完成的活检样本RNA测序项目是其中一个典型案例。

该项目要求对上百个活检样本进行转录组测序,包括从少量活检组织样本中提取RNA、构建RNA文库、完成二代测序以及数据分析等环节。测序平台为HiSeq 2500,采用快速模式以满足时间要求,读长为双端(Paired-End 2x100 碱基。下表随机展示了部分样本测序结果。窥豹一斑,可以看出药明康德基因中心的RNA提取质量和二代测序数据质量。

RNA

OD260/280

RIN

Yield (PF, Gb)

Reads (PF, M)

Q30 (%)

1

2.02

7.0

10.3

103.0

90.1

2

2.06

7.2

11.9

118.6

89.0

3

2.07

7.0

10.2

102.3

90.7

4

2.03

6.4

10.7

107.1

90.5

5

2.06

8.1

10.7

107.3

87.0

6

2.03

8.0

11.2

112.1

87.4

 

CLIA临床活检样本二代测序,对于基因中心的技术水平和管理水平都是一个考验。只有组织机构和设施平台的运行都具备高度重现性,只有严格遵守标准操作规程(SOP),每个细节都一丝不苟,数据质量和项目周期可以预期,人们才有信心把CLIA项目交给你。

首先,临床活检取得的组织样本量很少,用于二代测序的是其中的一部分,对于RNA提取和二代测序的要求都很高,只能一次成功,没有再来一次的机会。操作人员固然不能出现差错和失误,仪器平台也要保养良好,始终处于正常运转状态,不可懈怠。

另外,临床检验数据关涉患者的切身利益,每一步、每个环节都不可马虎大意。样本标签混乱,物流迟缓、疏忽导致时间耽搁甚至样本损毁,保管不当导致样本降解、污染等错误,看起来不是关键,但是在CLIA项目中都会产生严重后果。

第三,临床检验项目对于时间的要求尤其紧迫。成百上千的样本,每一个都必须按时按刻、保质保量地完成二代测序。基因中心无论员工素质、仪器维护还是质量管理体系,都经受住了考验。

诚实敬业,专业加专注。在上述数据中,只要是药明康德可控的都质量上乘。比如说RNA质量方面,OD 260/280比值整齐划一,都在2.0左右;RIN值体现的是样本RNA降解的程度,样本保管运输等环节需要其他单位配合,数据存在一定程度的波动。再看二代测序质量:数据产量整齐划一,Q30大于85%。即使RIN值低于8、有一定程度降解的RNA样本,它们在数据产量和Q30比例方面,与RIN值大于8的样本相比,也毫不逊色。

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